Ubicado en el extremo sur de la bahía de Coquimbo, el Humedal el Culebrón debe su nombre al estero que lo recorre, obteniendo agua desde el río y el mar. Este humedal posee un curso de agua que tiene un régimen de escorrentía netamente pluvial y recibe el aporte, tanto superficial como subterráneo, de quebradas y esteros menores, entre los que destacan Agua de Romero, Cruz de Caña, La Laja y Peñuelas (Godoy, 2012). Además corresponde a un sistema hidrológico que nace en una quebrada del mismo nombre y desemboca en la Bahía de Coquimbo. En el estero es posible encontrar varias unidades de humedal, desde zonas de agua dulce en la microcuenca hidrográfica, a estuarina en la desembocadura (Ormeño, 2005).

El estero corresponde al principal flujo hídrico superficial natural de la microcuenca de Pan de Azúcar y desemboca en el Océano Pacífico en el sector de Playa Changa. La importancia ecosistémica del humedal está relacionada con el control de inundaciones, la  estabilización de costas y protección contra tormentas, la retención y exportación de sedimentos y nutrientes, ser reservorios de biodiversidad, además del rol que cumple en recreación y lo que se relaciona con el turismo sustentable (CONAF, 2010).

Las zonas urbanas más cercanas al Humedal corresponden a la zona céntrica de Coquimbo, incluyendo Baquedano al sector oeste, mientras que al norte se acerca a La Cantera y Peñuelas. La zona más cercana y casi directa al Humedal corresponde a San Juan. Además, de estos sectores hay que incluir el área conocida comúnmente como “El Triángulo”, correspondiente a un campamento ubicado a un costado del humedal en donde el cruce de las líneas férreas dibujan una figura triangular en el paisaje. Está compuesto por alrededor de diez familias, pero existe un permanente recambio de personas, producto de la erradicación o el desplazamiento hacia otros lugares (INGAM, 2009). Para el censo del año 2002 habitaban allí 104 personas (INE), que vivían en viviendas de material ligero que carecían de servicios básicos, por lo que existía gran insalubridad, extrayendo incluso agua desde el Humedal para su consumo, por lo que la Municipalidad de Coquimbo está abordando estas situaciones.

La presencia de plagas es considerada principalmente un problema de gravedad, en el caso del sector de influencia se encuentra ligado fuertemente a la contaminación por acumulación de residuos sólidos, su presencia atrae a especies de roedores vectores de enfermedades transmisibles al humano. Debido a que no afectan directamente al ser humano, plagas como las de especies vegetales no son de preocupación para la población. En este momento corresponde a la situación más grave que se da en el sector, debido a la presencia de Eichhornia crassipes (Jacinto de agua), la que ha alcanzado un 90% de cobertura aproximadamente. (Propuesta de Plan Integral de Restauración del Humedal El Culebrón, Región de Coquimbo, La Serena, 2009). Geomorfológicamente El Humedal El Culebrón se emplaza en la primera terraza.La erosión continental ha dejado al descubierto los estratos pliocénicos, observables en la pendiente labrada por la quebrada El Culebrón (Paskoff, 1993).